1.Нужно ли прописывать маршруты на хостах или роутерах?
2.Должны ли проходить traceroute из одной локальной сети в другую?
1. На хостах, да. На роутерах не известно куда, вы же сети спрятали, удаленный админ не знает о существовании другой локальной сети.
2. Нет, вы их защитили.
2. Нет, вы их защитили.